原神90级祝圣秘境的核心难点集中在地脉异常机制约束、高等级怪物的生存与爆发伤害、分批刷新怪物带来的循环压力，以及队伍循环与机制适配的平衡性问题，不同秘境的专属规则会进一步放大这些难点，低练度阵容很容易出现输出不足或者生存崩盘的问题。
各类90级祝圣秘境都带有专属地脉异常，这是最容易被忽略的门槛，很多现成的强势队伍会在地脉规则下直接失去强度。部分秘境会限制增益生效条件，加成只对场上角色生效，角色切换退场就清空叠加层数，需要持续站场普攻维持增伤，频繁切人打后台输出的队伍很难吃满加成；还有秘境会交替切换增益地面，角色需要持续移动获取伤害加成，持续站场输出的主C会被迫中断输出节奏。如果队伍配置没有顺着地脉异常设计，即便角色练度充足，实际输出效率也会大幅下滑，长时间战斗会不断累积生存压力。
90级怪物拥有高额基础生命值、元素抗性与爆发伤害，部分副本会分批放出多组敌人，玩家需要连续处理多波高压攻势，没有充足护盾或者持续治疗的队伍很容易出现角色倒地。兽境猎犬这类怪物还会持续吸取队伍生命值，单纯依靠单次回血的治疗角色难以稳住血线；深渊法师、遗迹龙兽等目标带有元素护盾，护盾未破除时本体伤害会被大幅减免，如果队伍缺少对应破盾元素，大量输出会被护盾抵消，拉长战斗时长。同时秘境都设置了固定通关时限，长时间缠斗会直接导致挑战失败，单纯依靠生存角色慢慢消耗并不具备可行性，必须在生存、破盾、输出三者之间找到平衡。
队伍循环的稳定性也是一大隐性难点，很多玩家只关注主C的伤害，忽略全队充能循环。在连续多波怪物的战斗中，大招能量如果不能及时回满，第二波敌人登场时就会缺少核心增伤手段，只能依靠小额伤害慢慢输出。针对祝圣秘境的配队需要兼顾机制对策、充能效率、生存能力，优先选择适配地脉异常的输出方式，提前准备对应破盾角色，盾辅与治疗至少保留其一维持容错。联机模式可以分摊压力，但联机时怪物血量会同步提升，沟通不到位会出现输出节奏混乱，反而比单人挑战更加艰难，单人攻坚更考验完整的队伍循环设计。
