荒海地下的雷神瞳需要逐层解开两处水位机关，降低地下积水，再借助高阶雷种子穿过紫色雷屏障即可拾取，前期需要先解锁荒海地下遗迹入口，没有完成前置解谜的情况下无法进入地下空间。
首先前往荒海樱花树旁的枯井位置，井口外围分布四座雷元素方碑，前三座直接使用雷属性角色攻击激活即可，第四座方碑被机关方块封印，需要击打五个旋转方块，让方块表面紫色花瓣图案全部朝向内侧。初始未打乱的方块只需击打右上角方块两次，图案对齐后封印解除，清理周围刷新的遗迹守卫怪物，四座方碑全部点亮，井口地面机关开启，从井口跳入地下第一层水域。进入地下一层后沿着水道直行，抵达方形密室，密室中央分布五个可旋转的竖向方块机关，按照1‑2‑5‑4‑1‑5‑4‑2的顺序依次击打方块，机关触发后第一层积水快速排出。如果击打顺序错乱，直接退出当前地图重进游戏，机关方块就会重置为初始状态，方便重新解谜。水位下降后沿着石阶向下，来到地下第二层区域。
第二层地下空间依旧存在大片积水，前方通道同样设有一组方块机关，再次旋转方块对齐花纹，第二层积水排空，通往深处的通道完全显露。沿着水路左转前行，就能看见被紫色若雷结界包裹的雷神瞳，结界外围设有雷樱枝条召唤雷种子。普通低等级雷种子无法穿透高阶结界，需要提升神樱树供奉等级至17级，召唤对应等级的雷种子，带着雷种子靠近结界，便可直接穿过屏障靠近神瞳。
如果神樱树等级暂时不足，可以先开启附近的地下传送锚点，方便后续反复往返此地。地下区域还有一处秘境千门虚舟，解锁秘境机关就在雷神瞳隔壁通道，顺带可以一并开启。另外地下空间散落多个精致宝箱和珍贵宝箱，全部水位解密完成后可以顺着两侧通道逐一搜刮，清理沿途刷新的遗迹敌人，避免怪物干扰拾取道具。完成全部流程之后，即可拿到荒海地下隐藏的雷神瞳。
