原版游戏正统剧情内，Joja相关主线NPC不存在失踪、遇害的正式设定，仅开场公司背景动画出现一具员工骸骨彩蛋，无对应死亡剧情与任务支线，网传小镇NPC因Joja倒闭失踪、被害的说法均无官方文本支撑。骸骨彩蛋仅作为企业高压工作氛围的隐喻，不会触发寻人、探案类隐藏剧情，两条主线分支里所有关联Joja的角色均有完整离场或就业过渡逻辑，不存在无结局失踪、意外身亡的角色走向。
进入游戏开篇动画阶段，农场主此前就职于Joja总部写字楼，调整画面全屏分辨率后可清晰看到工位深处摆放完整人骨模型，场景没有血迹、遗书、调查信件等佐证遇害的道具，写字楼全程无NPC提及该骸骨来历，城镇内所有居民对话也不会解锁对应背景故事，该彩蛋仅用来烘托Joja集团压榨员工的企业形象，不属于可推进的隐藏剧情线索。尝试反复前往写字楼场景、反复和莫里斯、谢恩、山姆对话，或是完成全收集包、全额缴纳Joja社区发展资金两条主线，都不会解锁和骸骨相关的额外对话、道具或任务，骸骨仅作为静态场景装饰长期存在。
两条主线分支下所有Joja任职角色的去向都有明确剧情闭环，不存在失踪或遇害结局。选择修复社区中心路线，全部收集包完工后Joja超市永久停业，莫里斯直接离开鹈鹕镇不再出现，属于主动调离而非失踪；谢恩失去超市全职岗位后保留完整日常行动路线，山姆转去博物馆做兼职，两人全程存活且日常对话正常更新，无任何角色死亡动画、悼念剧情。选择Joja会员付费路线，莫里斯会长期驻守超市直至电影院完工，谢恩、山姆维持原有排班工作，全部角色会持续在小镇活动，解锁电影院后三人依旧拥有固定行程，城镇无葬礼、寻人告示、警局调查等对应失踪遇害的场景内容。
不少玩家会混淆模组内容与原版设定，各类拓展模组会新增莫里斯家庭悲剧、前Joja员工失踪支线、写字楼命案调查等自定义剧情，但模组内容不属于游戏原生设定，删除模组后相关剧情、道具、对话会全部清除，原版存档不会留存任何失踪遇害相关线索。区分原版与模组内容可通过检查超市内部互动道具，原版Joja超市仅售卖基础物资、无档案室、隐藏密道、案件档案类互动物件，模组才会新增调查道具、特殊夜间触发的探案事件，仅游玩纯净原版不会接触到任何Joja相关伤亡剧情。日常游玩时无需刻意搜寻隐藏命案线索，把精力放在收集包完成、社区资金筹备、NPC好感提升等核心玩法即可，两条主线均无隐藏死亡、失踪结局等待解锁。
