火影忍者火主各类主流副本阵容普遍存在先攻依赖性强、整体解控手段稀缺、续航容错能力偏低、连击体系容易被针对性破解、面对特殊机制关卡适配性差这五大共性短板，不同玩法流派还会衍生出对应的专属缺陷，也是玩家通关各类忍考、组队副本、剧情关卡时频繁卡关的核心诱因。当下副本里使用率最高的火主连击控制队、咒印爆发队、平民低配稳扎队三类阵容，全都依托火主红莲秘传被动积攒查克拉，依靠起手技能触发整套追打链叠加点燃、定身、麻痹多层负面状态完成输出压制，整套队伍的运转前提就是先手出手完成首轮技能衔接，一旦敌方副本先手忍者、结界机制抢先触发封穴、混乱、目盲效果，火主首轮奥义直接被锁住无法释放，后续鹿丸、红豆、佐助这类配套忍者的追打节点全部断裂，原本成型的闭环输出体系直接瘫痪，而且多数平民火主副本阵容为了压缩养成成本，基本不会配置具备驱散、自主解控能力的忍者，全程只能被动承受敌方施加的各类控制效果，只要关键输出位被长时间限制行动，整局对局的节奏就会彻底陷入被动局面。
绝大多数火主副本阵容都偏向短期爆发打法，追求前两回合快速清空单波小怪血量，队伍整体坦度和持续作战能力存在明显短板，这套打法应对三波以内的短途副本表现尚可，碰到多轮次连续出战、持久战类型的高阶副本劣势会全面暴露。咒印爆发流派普遍搭配飞段、三代雷、尾兽鸣人这类高额单体输出忍者，这类输出角色自身身板单薄，没有护盾和减伤加持，火主仅能依靠基础护甲承担前排伤害，没法持续撑起全队生存空间，前两回合没能完成清场收割，后续回合敌方小怪分批进场集火脆皮输出，很容易出现核心输出快速倒地、队伍战力断层的情况。即便偏向防守的火主根性阵容，也只能依靠被动反弹少量伤害，面对副本大范围群体AOE伤害、穿透型攻击起不到有效防护作用，再加上队伍常规只携带单医疗忍者，治疗量不足以支撑多回合血量损耗，持久战后期全队血量持续走低，没有翻盘的操作空间。
火主副本阵容核心输出手段高度绑定点燃负面效果与连击追打机制，副本内自带不良状态免疫、结界驱散、镜反特性的敌方单位，可以直接克制火主整套打法体系，也是日常闯关最难处理的关卡难点。不少高阶副本BOSS和精英小怪自带全域免疫效果，火主普攻、奥义施加的点燃、定身、麻痹全部失效，失去负面减益加持后队伍整体输出直接腰斩，连击触发的前提条件同步消失，整套阵容只剩下基础普攻伤害，通关效率大幅下降。部分关卡内置镜反机制，火主先手释放的控制奥义会反向作用己方忍者，频繁造成己方关键角色被定身混乱，打乱原本规划好的出手顺序。除此之外火主常规连击链大多需要达成十连以上才能完整触发，副本内带有击退、打断普攻机制的敌人，可以频繁打断连击累积进度，追打技能断断续续没法稳定触发，叠加伤害始终打不满，全程输出效率大打折扣。
火主成型副本阵容还普遍存在阵容适配场景狭窄、应对特殊关卡机制无力的短板，只能适配常规小怪副本，面对回血护盾、傀儡分身、持续毒伤专属关卡很难正常发挥战力。面对自带高额回血、循环护盾的BOSS关卡，火主队伍缺少稳定的驱散、禁疗手段，即便不断压低敌方血量，敌方依靠治疗技能快速回血抵消伤害，长时间拉锯之下己方血量、查克拉双双见底，慢慢陷入劣势。常规低配火主队伍极少大范围清场技能，对付大批量分身、傀儡集群关卡，只能逐个单点消耗目标，通关耗时成倍增加，还容易被零散傀儡轮番控住角色。同时火主自身火属性技能会被部分关卡地形机制克制，部分场景会压制火遁伤害数值，点燃效果触发概率大幅降低，原本的输出优势直接转变为短板，想要顺利通关只能临时更换整套阵容，没办法一套火主阵容打通全部副本关卡，阵容泛用性不足的问题十分突出。
