挑战并击败分布在关都地区各城镇的七个道馆馆主是玩家推进主线剧情、收集道馆徽章以最终挑战宝可梦联盟的关键步骤。这些道馆各自拥有独特的属性专精和镇守的馆主，其地理位置紧密串联起了玩家的冒险旅程。
玩家旅程的起点常磐市，其道馆是第一个可挑战的目标，但需等到后期获得特定秘传技能后才能进入。紧随其后的是尼比市的岩石系道馆，由小刚把守，这是玩家实际上面临的第一个正式道馆战。继续向北，华蓝市的水系道馆由小霞管理，玩家在解决火箭队骚乱后即可向她发起挑战。
沿着主要道路向东行进，抵达港口城市枯叶市，这里的道馆专精电系，馆主马志士等待着挑战者。随后深入内陆，在繁华的彩虹市，草系道馆馆主莉佳是玩家需要战胜的对手。而位于关都东南部、靠近狩猎地带的浅红市，其道馆则擅长毒系，馆主是阿桔。
最后一个位于主要陆地上的道馆在红莲岛，该岛因火山活动而闻名，这里的道馆专精火系，馆主夏伯是玩家在登岛后需要克服的强敌。第七个道馆的位置较为特殊，位于双子岛附近的某个设施内，玩家需完成特定剧情才能抵达并挑战专精超能力系的馆主娜姿。
纵观整个流程，七个道馆的分布覆盖了关都地区从西到东、由北至南的主要城镇，其地理位置的设计引导着玩家循序渐进地探索整个地图。挑战顺序虽有一定自由度，但大体遵循着游戏设计的路径，确保玩家在收集徽章的同时逐步提升实力。
