口袋妖怪绿宝石完全可以捕捉神兽，游戏内置多条可正常解锁、无额外道具门槛的神兽捕捉支线，包含剧情强制神兽、通关后固定点位神兽、全地图游走神兽三类，无需外部道具即可收集丰缘地区核心传说宝可梦，改版拓展版本还能追加更多跨世代神兽捕捉点位，覆盖主流玩家收集需求。
一周目推进主线剧情时就能完成烈空坐的捕捉流程，推进至琉璃市固拉多与盖欧卡对峙剧情后，前往131号水路的天空之柱顶层就能遇见70级烈空坐，该区域地面布满破碎薄板，必须装备加速自行车快速通过，对战时优先使用冰系、龙系技能压低血量，搭配睡眠、麻痹类异常状态提升捕捉成功率，剧情结束后天空之柱永久开放，不存在错过无法捕捉的情况。完成精灵联盟通关、登入名人堂解锁二周目内容后，可开启固拉多与盖欧卡的捕捉支线，前往119号道路气象研究所二楼与研究员对话，对方会同步道路异常天气线索，大晴天对应114号道路陆之窟的固拉多，暴雨航道对应深海海之窟的盖欧卡，洞窟仅短期存在，获取线索后需立刻动身，两只神兽等级均为70级，洞窟内可反复尝试捕捉，捕捉其一后再次对话研究员即可刷新另一只的洞窟位置。
三神柱是丰缘地区隐藏神兽组合，解锁流程存在固定解谜步骤，先前往暮水镇下方134号水路潜水，找到布告石室上浮，阅读墙壁盲文后使用挖洞技能，再将吼鲸王放置队伍首位、古空棘鱼放在队伍第六位，再次调查中央石板触发地震，三座遗迹封印同步解除。111号道路沙漠遗迹内为雷吉洛克，正对石板左走两步、下走两步使用碎岩即可开启内洞；105号水路海岛洞窟藏有雷吉艾斯，调查石板后紧贴墙壁环绕洞穴一圈，石门自动解锁；120号道路古代坟墓内是雷吉斯奇鲁，站在洞穴中心释放闪光技能就能进入对战，三只神柱等级统一为40级，洞窟可重复进入，无需担心捕捉失败永久消失。二周目开启时家中电视会播报神秘宝可梦新闻，选择对应颜色后全地图随机刷新40级游走神兽，选红色遇见拉帝亚斯，蓝色遇见拉帝欧斯，该神兽登场第一回合就会逃跑，对战前需携带拥有踩影特性的果然翁，或是掌握黑眼神技能的宝可梦限制逃跑，没有大师球的情况下可多次切换道路追踪，反复消耗血量后用时间球慢慢捕捉，另一款拉达家族神兽需借助船票前往南方孤岛获取，常规流程无法自然遇见。
原版正版流程内梦幻、凤王、洛奇亚、代欧奇希斯等幻兽与跨世代神兽，仅能通过官方限时活动道具解锁对应岛屿，无活动道具无法正常捕捉，各类改版拓展版本会调整地图野生遇敌分布，在流星瀑布、新银叶、火焰近路、斗士载入等区域增设低概率野生神兽，包含三圣鸟、三圣兽、超梦、雪拉比等，遇敌概率偏低，需要长时间在指定草丛、洞窟内反复游走，对战捕捉逻辑与常规神兽一致，控制血量叠加异常状态是通用捕捉技巧。道具储备层面，大师球优先留给游走型拉帝家族，其余神兽依靠时间球、巢穴球、黑暗球搭配使用，洞窟内作战黑暗球捕捉加成更高，白天户外场景巢穴球效果更佳，提前准备催眠粉、电磁波、剧毒等技能，避免攻击直接击倒神兽，大幅降低捕捉难度。
